Die Architektur der Synagoge Ben Ezra unterscheidet sich nicht von der Standard-Architektur koptischen Kirchen. Das liegt daran, dass das Gebäude ursprünglich war die Kirche, aber am Ende X v. Kalifen Hakim Schloss die Kirche. In späteren Zeiten das Gebäude kaufte die Jüdische Gemeinde, die damals bildete einen bedeutenden Teil der ägyptischen Gesellschaft. Die Synagoge wurde benannt nach der Rabbiner Jerusalem von Abraham Ben Ezra.

Berühmt wurde die Synagoge von der Tatsache, dass in dem XIX Jahrhundert, zur Zeit der Reparatur, hier hat die Schatzkammer mit tausenden Dokumenten, XI-XII Jahrhundert.
Vor kurzem Synagoge restauriert.